El actual templo siempre contó con un instrumento que acompañaba a las fiestas religiosas que en él se celebraban. En 1805 la Hermandad de San Rafael compraba un pequeño órgano que pronto resultó insuficiente para dar culto al Custodio de la ciudad. Por ello los cofrades decidieron emprender la construcción de un órgano de primera categoría. El contrato para su ejecución fue firmado en 1845, estrenándose el 6 de mayo de 1848, vísperas de la celebración de la última aparición del Arcángel. Realizado por Antonio Pilat, está considerado como uno de los grandes órganos de la provincia de Córdoba. Joaquín Romero es el autor de la caja y José González el pintor y dorador que lo policromó. Restaurado en 2015, es utilizado en las fiestas de San Rafael y otras realizadas en el templo del Juramento.