Su nombre hace referencia a la imagen de San Rafael que lo preside desde 2015. La principal función del patio es dotar de luz y ventilación al templo y a las dependencias en torno a él, como la casa del santero o el cuarto pila. Enriquecido en los últimos años, se ha recuperado el suelo original de bolos, típico de los patios cordobeses. Desde él se accede a una pequeña capilla dedicada a la Virgen de Fátima y a un segundo patio presidido por el escudo de Córdoba, cuyo terreno estaba destinado a acoger una capilla que nunca se construyó.